Entre esas dos opciones te diria antes una cabaña de madera, de ladrillo hacerla uno mismo si no se tiene práctica puede ser una gran chapuza, además de llevar mucho más trabajo y más desagradable y comportarse peor térmicamente (frio y verano), lo que a la larga sale muy cara.
En cuanto a la madera aunque es mejor por muchos motivos si no le añades aislante también lo pasarás mal en invierno (y en verano).
Hay otras opciones mucho mejores y más adecuadas para la autoconstrucción, merece la pena que te lo mires un poco, has oido hablar de las casas de paja? me parecen genial desde todos los puntos de vista:económico (de construcción y de uso), facilidad, estética, rapidez, salud, ecología...
Si es una casa pequeña puedes hacer una casa muy barata y de gran calidad, si combinas el muro de paja, un inmejorable aislante, con el barro del revoco, que lo protege y le da inercia térmica (muy importante en la sensación térmica), tienes una combinación ideal.
Es importante que cuides el tema del tejado y los cimientos (independientemente de si utilizas madera, ladrillo o paja y barro), sino tendrás humedades y goteras.
Para los cimientos puedes utilizar neumáticos o termoarcilla.
Te dejo unas direcciones que puedes visitar:
http://www.casasdepaja.org/?pag=galeriahttp://casaeco.blogspot.com/search/label/construcci%C3%B3n%20con%20balas%20de%20%20pajaSi te interesa y tienes más dudas ya me dices.
Antonio